W granicach obu obszarów Natura 2000 zlokalizowany jest Wigierski Park Narodowy (WPN), który jest równocześnie uznany za obszar wodno-błotny o znaczeniu międzynarodowym, chroniony na mocy międzynarodowej Konwencji Ramsarskiej. WPN ma również rangę europejskiej ostoi ptaków IBA (Important Bird Area) „Puszcza Augustowska” (kod PL043). W obrębie Ostoi zlokalizowanych jest 14 obszarów ochrony ścisłej, których celem ochrony jest zachowanie cennych siedlisk i naturalnych procesów fluktuacyjnych.
Obszar Natura 2000 "Ostoja Wigierska" położony jest na północnym skraju Puszczy Augustowskiej. Własność Skarbu Państwa obejmuje 76,9% obszaru, a prywatna 23,1%.Wody stanowią 17% powierzchni, lasy liściaste - 9%, lasy iglaste - 42%, lasy mieszane - 13%, a tereny rolnicze i zabudowane 19%. Geograficznie obszar ten leży w granicach Pojezierza Litewskiego, w krainie Mazursko-Podlaskiej, w płn-wsch części dzielnicy Pojezierza Mazurskiego i północnej dzielnicy Puszczy Augustowskiej. Pod względem administracyjnym obszar zlokalizowany jest w północnej części województwa podlaskiego, w granicach trzech powiatów: suwalskiego, sejneńskiego oraz augustowskiego.
Planowane działania ochronne zostały uzgodnione z właścicielami gruntów oraz Dyrekcją Wigierskiego Parku Narodowego.
Rzeźba terenu obszaru Natura 2000 "Ostoja Wigierska" ukształtowana ostatecznie została przez działalność lądolodu skandynawskiego, podczas zlodowacenia północnopolskiego, które ustąpiło stąd około 12 tys. lat temu. Cały teren został wyraźnie zróżnicowany na dwa obszary o odmiennych cechach morfologicznych: na północy krajobraz jest pagórkowaty, przeważają formy morenowe zbudowane z piasków, glin zwałowych, żwirów i głazów: na południu rzeźba jest mniej urozmaicona, przeważają równiny sandrowe, utworzone z piasków naniesionych przez wody wypływające spod czoła lodowca. Gleby wytworzone są głównie z plejstoceńskich glin i piasków zwałowych, są zróżnicowane pod względem właściwości fizycznych i chemicznych i tworzą mozaikowaty układ. Obszar leży w środkowej części dorzecza rzeki Czarnej Hańczy, a jego centralną część stanowią bezpośrednia zlewnia jez. Wigry oraz fragment zlewni Wiatrołuży. Ponadto znajdują się tu także: zlewnia Kamionki, zlewnia ujściowego odcinka rzeki Czarnej Hańczy i fragment zlewni Czarnej Hańczy poniżej wypływu z jeziora Wigry. „Ostoja Wigierska" charakteryzuje się dużym bogactwem florystycznym, które wynika z urozmaiconej rzeźby terenu i związanej z nią mozaiki różnorodnych siedlisk.
Stwierdzono tu ponad 1000 taksonów roślin naczyniowych, wśród których występują rzadkie gatunki wchodzące często w skład unikatowych zbiorowisk roślinnych, około 290 taksonów mszaków, i ponad 600 taksonów glonów. Z roślin naczyniowych ochronie ścisłej podlega 85 gat., a ochronie częściowej 15 gat., 32 gat. Występują w Polskiej Czerwonej Księdze, z czego 7 z nich to gatunki uznawane za krytycznie zagrożone w skali Polski, a 9 określane jako wymierające. Występuje tu 80 mszaków objętych ochroną, w tym 53 gat. Podlegające ochronie ścisłej, a 27 ochronie częściowej. We florze występują gatunki reprezentujące różne elementy geograficzne. Najliczniejsze są gatunki środkowo-europejskie i borealne, lecz występują tu także rośliny reprezentujące element arktyczny, południowo-syberyjski, atlantycki, pontyjski i śródziemnomorski. Na szczególną uwagę zasługują gatunki będące reliktami z okresu ostatniego zlodowacenia. Są to między innymi: brzoza niska (Betula humilis), gnidosz królewski (Pedicularis spectrum-carolinum), zimoziół (Linnaea borealis), skalnica torfowiskowa (Saxifraga hirculus), wełniaczka alpejska (Baeothryon alpinum), kukuczka kapturkowata (Neottianthe cucullata). Zdecydowaną większość zbiorowisk roślinnych obszaru tworzą gatunki rodzime. We florze występują jednak takie gatunki obce, z których cześć może stanowić zagrożenie dla rodzimych zespołów roślinnych. Do ekspansywnych gatunków należą m.in.: klon jesionolistny (Acer negundo), czeremcha amerykańska (Prunus serotina), dąb czerwony (Quercus rubra), niecierpek gruczołowaty (Impatiens glandurifera), niecierpek drobnokwiatowy (Impatiens parviflora), rdest ostrokończysty (Reynoutria japonica).
Do najcenniejszych roślin naczyniowych, występujących na terenie obszaru Natura 2000 „Ostoja Wigierska”, w skali europejskiej należą gatunki roślin wymienione w II Załączniku Dyrektywy Siedliskowej – stwierdzono występowanie 7 takich gatunków tj.: rzepik szczeciniasty (Argimonia pilosa) – kod 1939, aldrowanda pęcherzykowata (Androvanda vesiculosa) – kod 4068, obuwik pospolity (Cypriprdium calceolus) – kod 1902, lipiennik Loesela (Liparis loeselii) – kod 1903, sasanka otwarta (Pulsatilla patens) – kod 1477, skalnica torfowiskowa (Saxifraga hirculus) – kod 1528 i leniec bezpodkwiatkowy (Thesuim ebracteatum) – kod 1437. Z roślin niższych (z załącznika II) stwierdzono tu występowanie dwóch gatunków mchów: widłozęba zielonego (Dcranum viride) – kod 1381 i haczykowca błyszczącego (Hamatocaulis vernicosus) kod – 1393. Ponadto występuje tu 18 gat. torfowców (kod 1409) wymienionych w Załączniku V Dyrektywy Siedliskowej: torfowiec wąskolistny (Sphagnum agnustifolium), torfowiec ostrolistny (Sph. capillifolium), torfowiec szpiczasto listny (Sph. cuspidatum), torfowiec kończysty (Sph. fallax), torfowiec frędzlowany (Sph. fimbratum), torfowiec pogięty (Sph. flexuosum), torfowiec brunatny (Sph. fuscum), torfowiec Girgensohna (Sph. girgensohnii), torfowiec magellański (Sph. magellanicum), torfowiec tępo listny (Sph. obtusum), torfowiec błotny (Sph. paluistre), torfowiec okazały (Sph. riparium), torfowiec czerwonawy (Sph. ruibellum), torfowiec Russowa (Sph. russowii), torfowiec nastroszony (squarrosum), torfowiec jednoboczny (Sph. subsecundum), torfowiec obły (Sph. teres) i torfowiec Warnstorfa (Sph. warnstorfii). Stwierdzono tu występowanie 516 taksonów grzybów makroskopijnych, z których 11 gat. objętych jest ochroną ścisłą i prawie 300 taksonów grzybów lichenizowanych – porostów, w tym 53 gat. objętych ochroną ścisłą oraz 6 gat. objętych ochroną częściową.
W szacie roślinnej obszaru występuje ponad 100 zespołów roślinności łąkowej i szuwarowej. Pod względem zajmowanych powierzchni dominują zbiorowiska leśne i zarośla subborealnych borów mieszanych oraz subborealnych grądów, przed zbiorowiskami olsu porzeczkowego, lęgu jesionowo-olszowego i subkontynentalnego boru świeżego. Na nasłonecznionych stokach wyniesień oraz na okrajkach widnych i suchych występują zbiorowiska roślin ciepłolubnych. Zawierają one w swym składzie wiele rzadkich i chronionych gatunków. Na terenach nieleśnych dominują zbiorowiska z kompleksu chwastów upraw zbożowych i okopowych oraz zbiorowiska łąk i muraw , głównie świeże łąki i pastwiska, suche łąki z elementami ciepłolubnymi oraz wilgotne łąki wielokośne, antropogenicznie przekształcone. Do cennych pod względem florystycznym należą ekstensywnie wykorzystywane łąki, na których występują rzadkie gatunki roślin, w tym liczne storczyki i turzyce. Charakterystyczną cechą roślinności obszaru jest również występowanie licznych torfowisk przejściowych oraz torfowisk wysokich, związanych z obecnością jezior dystroficznych, bezodpływowych zagłębień terenu oraz dolin rzecznych. Można znaleźć na nich rzadkie i zagrożone gatunki roślin tj. np.: żurawina drobnolistkowa (Oxycoccus palustris), wątlik błotny (Hammarbya paludosa) i rosiczka długolistna (Drosera anglica). Na brzegach większości jezior eutroficznych dominuje szuwar trzcinowy. Do najcenniejszych siedlisk należy zaliczyć m.in. te objęte ochroną w ramach sieci Natura 2000, jak torfowiska wysokie oraz siedliska zebrane w grupie borów i lasów bagiennych. Na obszarze stwierdzono występowanie ponad 20 siedlisk „naturowych”, a 10 z nich uznawane jest za priorytetowe.
Fauna „Ostoi Wigierskiej” jest bogata. Występuje tu ponad 2000 gat. zwierząt, w tym 51 gat. ssaków tj.: bóbr europejski (Castor fiber) - kod 1337, wydra (Lutra lutra) – kod 1355, wilk (*Canis lapus) – kod 1352, ryś (Lynx lynx) – kod 1361, nocek łydkowłosy (Myotis dasycneme) – kod 1318, 203 gat. ptaków np.: kania czarna (Milvus migrans) – kod A073, bielik (Haliaeetus albicilla) – kod A075, zimorodek (Alcedo atthis) – kod A229, 5 gat. gadów: np. żmija zygzakowata (Vipera berus), jaszczurka zwinka (Lacerta agilis), 12 gat. płazów, np.: traszka grzebieniasta (Triturus cristatus) – kod 1166, kumak niziny (Bombina bombina) – kod 1188, 32 gat. ryb, np.: troć jeziorowa (Salmo trutta m. lacustris), różanka (Rhodeus sericeus) – kod 1134, sielawa (Coregonus albula) i ponad 1700 gat. bezkręgowców np.: mszarnik jutta (Oneis jutta), czerwończyk nieparek (Lycanea dispar) – kod 1060, czerwończyk fioletek (Lycanea helle) – kod 4038, przeplatka maturna (Euphydryas maturna) – kod 1052, trzepla zielona (Ophiogomphus cecilla) – kod 1037, zalotka większa (Leucorrhinia pectoralis) – kod 1042, poczwarka jajowata (Vertigo moulinsiana) – kod 1016, skójka grubo skorupowa (Unio crassus) –kod 1032, zatoczek łamliwy (Anisis vorticelus) – kod 4056. Zwierzęta objęte ochroną reprezentowane są przez 72 gatunki bezkręgowców i 261 gat. kręgowców. Ochronie ścisłej podlega 324 gat. (66 bezkręgowców i 248 kręgowców), a ochronie częściowej 19 gat. (6 bezkręgowców i 13 kręgowców). Stwierdzono występowanie 59 gat. zwierząt z Polskiej Czerwonej Księgi, w tym 21 gat. bezkręgowców oraz 38 gat. kręgowców. Stwierdzono tu także występowanie 62 gat. zwierząt zamieszczonych w II Zał. Dyrektywy Siedliskowej i Zał. I Dyrektywy Ptasiej – 11 gat. stanowią bezkręgowce (3 gat. mięczaków i 8 gat. owadów: 2 gat. ważek, 3 gat. motyli i 3 gat. chrząszczy), a 51 kręgowce, w tym 2 gat. płazów, 3 gat. ryb, 40 gat. ptaków I 6 gat. ssaków. Z Zał. IV Dyrektywy Siedliskowej odnotowano występowanie 10 bezkręgowców.
Obszar "Ostoi Wigierskiej" ma duże znaczenie dla zachowania populacji wielu gatunków roślin i zwierząt oraz niektórych siedlisk przyrodniczych. Duża ilość podmokłych terenów, zwłaszcza wokół jezior i w dolinach rzecznych oraz niewielkich zbiorników wodnych skupia głównie gatunki wodno-błotne. W środowiskach takich spotkać można największe bogactwo rzadkich gatunków roślin, w tym liczne gatunki storczyków, jak np.: kruszczyk błotny (Epipactis palustris), lipiennik Loesela (Liparis loeselii) - kod 1903 czy wyblin jednolistny (Malaxis monophyllos). Obszar "Ostoi Wigierskiej" jest ważnym miejscem występowania wielu gatunków zwierząt, zarówno o randze lokalnej, jak i krajowej. Duże znaczenie (ponadregionalne) obszar projektu ma dla ochrony populacji płazów, a zwłaszcza kumaka nizinnego (Bombina bombina) - 1188, traszki grzebieniastej (Triturus cristatus) - 1166, grzebiuszki ziemnej (Pelobates fuscus), ropucha paskówka (Epidalea calamita) oraz żaby moczarowej (Rana arvalis). Zwłaszcza populacja kumaka nizinnego, gatunku objętego ochroną ścisłą (podobnie jak pozostałe gatunki płazów), umieszczonego na Czerwonej Liście Zwierząt i Czerwonej Liście IUCN (LR/cd) oraz w Załączniku II i IV Dyrektywy Siedliskowej, reprezentowana jest tu bardzo licznie. Wszystkie gatunki zwierząt objęte projektem zostały wybrane ze względu na ich znaczenie w środowisku, występowanie w środowiskach podlegających dużej presji ze strony człowieka oraz w niektórych przypadkach charakteryzujących się wysokim ryzykiem wyginięcia na tym obszarze. Zaplanowane w projekcie działania, mające na celu ochronę ww gatunków, polegają na: - odtwarzaniu zbiorników wodnych stanowiących miejsca rozrodu płazów (działanie C.2).
Obszar Natura 2000 "Ostoja Wigierska"